宣统元年（1909年）8月，归国，任杭州、浙江两级师范学堂生理学和化学教员兼任日本教员铃木珪寿的植物学翻译。
宣统二年（1910年），8月，任绍兴中学堂教员兼监学。1911年，写个人的第一篇小说文言小说《怀旧》。
民国元年（1912年），临时政府成立于南京，应教育总长蔡元培之邀，任教育部社会教育司第一科科长。八月任命为教育部佥事。从本年起至1917年，他大量抄古碑，辑录金石碑帖，校对古籍。
民国六年（1917年），7月7日，因张勋复辟乱作，愤而离职，14日，乱平即返部。
民国七年（1918年），1月，参加《新青年》改组，任编委。