身世质疑

《史记·吕不韦列传》记载，秦始皇之母赵姬原是吕不韦的姬妾，吕不韦将赵姬献给异人，后来赵姬至大期生子名政；又《史记·秦始皇本纪》载“秦始皇帝者，秦庄襄王子也。庄襄王为秦质子于赵，见吕不韦姬，悦而取之，生始皇。”

司马迁在《史记·吕不韦列传》里说，吕不韦将有身之姬献于异人，这与“取九月生子正（政）”的记载是吻合的。

连司马迁自己也不知道嬴政的真实身份，“仅以听闻记之”而已，所以前后记述自相矛盾。

死亡

秦始皇的死如他的身世一样引起了后人的争议。史学界有两种截然不同的观点，一说死于疾病，一说死于非命。

持第一种观点的人认为，关于秦始皇之死，《史记》记述很多，分别见于《秦始皇本纪》《李斯列传》《蒙恬列传》等处，死因已明，无可置疑。发现了刻有“始皇帝死而地分”的陨石和出言“今年祖龙死”的“仙人”。秦始皇很迷信，这些现象使他感到恐惧不安。为了消灾避难，寻找长生不老药，秦始皇听从了一名相卜者的建议，准备第五次巡游。然而由于一路劳顿，秦始皇到平原津（山东平原附近）就病倒了。赵高奉命写遗书，给受命监军河套的秦始皇长子扶苏：“与丧命咸阳而葬。”信还未发出，秦始皇就死在沙丘行宫（河北邢台市广宗附近）。

有的学者认为，秦始皇自幼有疾，所以体质较弱。他勤政，每日批阅文书一百二十斤，工作极度劳累；加以巡游中七月高温，以上诸因素并发，促使他在途中病发身亡。至于他死于何病，有人认为他死于癫痫。癫痫发作一般分四个时期：起初头晕、胃部不适，继尔突然意识丧失，隔肌痉挛，面色青紫、瞳孔散大、呼吸暂停，然后全身肌肉抽动、口吐白沫，最后数十分钟才能清醒。郭沫若根据《史记·秦始皇本纪》记载“秦王为人蜂准，长目，鸷鸟膺，豺声，少恩而虎狼心……”推测秦始皇幼时患有软骨症，时常患着支气管炎，所以他长大后胸部和鸷鸟一样，声音似豺狼，后来由于政务繁重，引发脑膜炎和癫痫等病症。后来秦始皇渡黄河，癫痫病发作，后脑壳撞在青铜冰鉴上，加重了脑膜炎的病情，人处于昏迷状态；当车赶到沙丘后第二天，赵高、李斯发觉秦始皇已死去多时。

持第二种观点的人从几篇有关秦始皇死亡情况的史书推敲，发现了可疑之处。这次出游随从人员主要有赵高、李斯、胡亥等人，上卿蒙毅也在随行之列。蒙毅是蒙恬的亲弟弟，扶苏的亲信，可是当秦始皇在途中病重时，蒙毅被遣返回边关。从突然的人事变动来看，这似乎是赵高等人的计谋。因为蒙恬领兵30万随公子扶苏驻防上郡，从秦始皇的身边遣走蒙毅，也就是去掉了扶苏的耳目；加之赵高曾被蒙毅治罪而判死刑，后因秦始皇赦免，赵高才恢复官爵，赵高从此对蒙毅恨之入骨，发誓要灭掉蒙氏一族。

功过是非

秦朝在统一后不久就频繁的大兴土木，尽管其中一部分工程如长城灵渠是利国利民的，但生产力仍遭到极大破坏，秦始皇三十一年，一石米就卖到了一千六百钱（史记秦始皇本纪），民众苦不堪言，因此秦朝二世而亡也就不奇怪了。

历代都宣扬秦始皇残暴不仁，如焚书坑儒、大建阿房宫、长城、骊山墓等等。但从考古看来，”焚书“是有的，但是好在所焚的书在咸阳宫和民间多有副本，可惜的是周王室存放的珍贵史籍没有副本，也被付之一炬从此绝迹（史记六国年表）。“坑儒”是后世的说法，《史记》中记载为坑杀术士，但同时也提到“诸生皆诵法孔子”，也就是说这些术士和儒生算是一类的。阿房宫经考古发掘，没有建成，只有一个地基。但是为了修建规模庞大的阿房宫要备工备料，同样耗费巨大，后人有”阿房出 蜀山秃“之语，更不用说秦始皇在咸阳周围复制六国宫殿二百七十余座，还以甬道相连（秦始皇本纪），耗费的民力就无法计算了。秦始皇背离了秦国崇尚节俭的传统，这是他的一大失误。

历史是由人书写的，其中夹杂着很多作者的喜怒哀乐，以及统治者的意志。秦始皇虽然有大功于中国，但同时也为秦朝迅速灭亡埋下了火种。对他的评价必然是褒贬参半，有丑化也有美化，后人读书也难免接受了这些理论。