程普公元196年（建安元年），孙策率军前至横江、当利，击败张英、于麋等，转而进攻秣陵、湖孰、句容、曲阿，程普都立下战功，孙策给他添加兵员二千、战马五十匹。又进而攻破乌程、石木、波门、陵传、馀亢，程普立的战功最多。

公元197年—199年（建安二至四年），孙策进入会稽，任命程普为吴郡都尉，治所设在钱塘。后又转任丹杨都尉，据守石城，又进讨宣城、泾县、安吴、陵阳、春谷等处贼寇，将他们全都打败。孙策曾攻打祖郎，被祖郎军队团团围住，程普同一名骑兵一起保护着孙策，驱马疾呼猛突，用长矛刺敌，祖郎军往两边分开，孙策由是得以随程普冲出重围。后来程普被任命为荡寇中郎将，兼任零陵太守，随孙策前往寻阳讨伐刘勋，在沙羡进击黄祖，回师后仍镇守石城。

公元200年（建安五年），孙策逝世，叛乱四起，程普与张昭等共同辅佐孙权，转战三郡之地，平定讨伐各种不归服的势力。